Il Museo, realizzato ed inaugurato in occasione del Millenario della fondazione della Diocesi e della Città di Bobbio (1014-2014), da parte di S. Enrico imperatore ha sede nel piano nobile del Palazzo Vescovile (sec. XI-XVIII) e nelle stanze poste sopra la navata destra della Cattedrale.

La sala d’ingresso è dedicata a mons. Pietro Zuccarino, ultimo vescovo della diocesi, deceduto nel 1973. Sono qui esposti oggetti a lui appartenuti: piviale, mitra e stola, opera del Laboratorio Beato Angelico di Milano; Via Crucis in madreperla, proveniente dalla Terra Santa; calice in oro e argento, anelli episcopali, pastorale, brocca e bacile d’argento.
Sulla parete sinistra, grande mappa con i confini della diocesi e i nomi di tutte le 71 parrocchie, quali esistevano nel 1968 dopo l’acquisizione di alcune di esse dalla diocesi di Tortona.

Il salone dei Vescovi ospita pastorali, uno particolarmente prezioso, quello del Vescovo Mondani (1472-1482), mitre e paramenti.
La sala è affrescata con medaglioni raffiguranti tutti i Vescovi che si sono succeduti sulla Cattedra bobbiese, intervallati ad allegorie.

A seguire la sala del trono, dove avvenivano le udienze episcopali, espone reliquiari, calici, ostensori, pianete, piviali e quadri.

Ritornando all’ingresso, una scala barocca, in marmo verde locale, conduce ad un ambiente che precede la Cappella. Domina qui l’affresco con l’Adorazione dei Magi. L’autore è Francesco Porro, il pittore del Ciclo dell’Assunta in Cattedrale e della decorazione del Salone dei Vescovi; sempre in questo atrio è esposto un artistico stendardo processionale di manifattura emiliana, mentre l’attigua saletta, dedicata ad archivio segreto del Vescovo, conserva intatto l’arredo ligneo settecentesco con stemma del vescovo Carlo Cornaccioli. Una targa ricorda la visita, per studio, nell’agosto del 1899 di Achille Ratti (il futuro Papa Pio XI), allora direttore della Biblioteca Ambrosiana.

Nella Cappella Vescovile si trova una Resurrezione, pala d’altare di Domenico Bonvisino (1624), alcuni antichi libri liturgici, delle cinquecentine, un codice miniato e la stola di San Carlo Borromeo. Testimonianza della fede popolare sono i reliquiari conservati nella successiva SALETTA. La reliquia della Croce è esposta in un prezioso manufatto con smalti su rame, opera del laboratorio Politi di Milano. Tra le altre reliquie, zucchetto del papa san Pio X.
Le ultime stanze sono dedicate rispettivamente ad arredi provenienti dalle parrocchie della diocesi e ad opere pittoriche. Conclude il percorso espositivo lo studiolo di S. Antonio Gianelli, con cimeli e volumi che gli appartennero.